Alain Clappier se graduó en 1989 con un diploma en matemáticas aplicadas del Institut National Polytechnique de Grenoble (Francia). Luego trabajó como asistente de investigación en la Escuela Politécnica Federal Suiza de Lausana (EPFL), donde obtuvo un doctorado en modelización numérica de la contaminación del aire en 1998. De 1998 a 2008, dirigió un grupo de investigación en la EPFL centrado en la modelización del clima urbano y la gestión de la calidad del aire. En 2008, se convirtió en profesor en la Universidad de Estrasburgo (Francia), donde amplió su investigación para incluir el desarrollo de estrategias energéticas para reducir las emisiones de gases de efecto invernadero y mejorar la calidad del aire.